rsync - Эээ… синхронизируй их полностью. Очень полезная программулина.

Bareos — кроссплатформенное клиент-серверное программное обеспечение, позволяющее управлять резервным копированием, восстановлением, и проверкой данных по сети для компьютеров и операционных систем различных типов.

Rsnapshot - базирующаяся на rsync утилита на Perl для создания резервных копий. Особенностью является ориентация на создание полных снапшотов файловой системы через заданный интервал времени, для экономии места на диске, не изменившиеся с момента первого бэкапа файлы ссылаются на оригинальный файл с помощью жестких ссылок.

Oxidized - инструмент для копирования конфигураций сетевых устройств

BackupPC — свободное ПО (распространяется под GNU General Public License) для резервного копирования данных с управлением через веб-интерфейс. Кроссплатформенный программный сервер может работать на любом сервере под управлением GNU/Linux, Solaris или UNIX. Нет необходимости в клиентской части, так как сервер сам по себе является клиентом для нескольких протоколов, которые поддерживаются родными службами клиентской ОС.